Sektor pertanian
menempati posisi pertama dalam kontribusinya terhadap penciptaan nilai tambah
PDRB Kabupaten Halmahera Tengah tahun 2012 dengan share sebesar 37,73 persen
dengan nilai nominal 211.29 Miliar Rupiah. Kontribusi yang diberikan sektor
pertanian ini sedikit lebih tinggi dibandingkan tahun sebelumnya yang mencapai
37,53 persen. Meningkatnya kontribusi di sektor pertanian ini terutama karena
meningkatnya share yang diberikan sub sektor tanaman perkebunan. Khususnya
tanaman kelapa dan Pala, dimana komoditi tersebut memberikan pengaruh yang
signifikan terhadap sektor pertanian. Pada tahun 2013, sektor pertanian ini
memberikan share sebesar 37,34 persen.
Kontribusi
terbesar kedua pada tahun 2012 terhadap total PDRB 2012 masih ditempati oleh
sektor pertambangan dan penggalian yaitu sebesar 19,28 persen namun pada tahun
2013 sektor pertambangan dan penggalian menempati peringkat ketiga dalam
struktur PDRB. Hal ini dikarenakan pemberlakuan UU Minerba oleh pemerintah yang
melarang perusahaan pertambangan menjual produknya dalam bentuk bahan mentah,
dan minimal setengah jadi. Dengan kata lain, perusahaan wajib untuk mengolah
bahan tambang minimal menjadi setengah jadi untuk kemudian dijual. Pemberlakuan
UU minerba ini memberikan dampak yang cukup besar bagi nilai tambah yang
dihasilkan oleh sektor pertambangan dimana share sub sektor pertambangan tanpa
migas pada tahun 2012 sebesar 18,31 persen kemudian pada tahun 2013 menurun
menjadi 17,36 persen.